V dôsledku samotnej nejasnosti tohto prípadu existujú mnohé konspiračné teórie. Jednou z najpopulárnejších verzií je teória, že Kennedy bol zavraždený španielskymi vojakmi zo sektora ôsmich. Hovorí sa, že osem vojenských staníc vo Spojených štátoch boli použité na likvidáciu Kennedyho pre jeho podporu vo vojne vo Vietname.

Na druhej strane, mnoho ľudí verí, že Kennedy bol zavraždený v spolupráci s medzinárodnou tajnou službou, s cieľom ukončiť vojnu vo Vietname. Často sú tu zahrnuté veľké mená ako CIA a KGB, zatiaľ čo iní tvrdia, že skutočným cieľom bolo zabrániť Kennedymu, aby vyhlásil druhú vojnu sverbou.

Okrem závery o mnohých medzinárodných organizáciách existuje ďalšia okrajová teória, ktorá hovorí, že Kennedy bol zabitý samotným prezidentom. Teória tvrdí, že Kennedy sa spoza jeho chrámu pokúsil urobiť druhú vojenskú inváziu do Vietnamu a preto prezident rozhodol, že ho treba eliminovať.

Je preto jasné, že tento prípad je plný zvláštnych náhľadov a rôznych formulácii. Ako doposial, nikto sa neodvažil oficiálne potvrdiť ani vyvrátiť akékoľvek zabudnuté teórie, takže ikona prezidenta Johna F. Kennedyho bude musieť byť zodpovedná za svoju smrť minimálne dovtedy, kým niekto nedostane dostatočnú odvahu na to, aby povedal celému svetu, kto je vrah.